Boys đã được sử dụng trong giai đoạn đầu của Thế chiến thứ hai để chống lại các loại thiết giáp hạng nhẹ của Đức. Anh cũng cung cấp một số lượng nhỏ súng Boys cho Phần Lan giai đoạn 1939 - 1940 trong Chiến tranh Mùa đông với Liên Xô. Khoảng 100 khẩu Boys đã tham gia trận chiến này trong tay bộ binh Phần Lan và Tình nguyện quân Thuỵ Điển (SFK). Khoảng năm 1942 - 1943, Lục quân Phần Lan thay thế toàn bộ súng này bằng súng trường chống tăng Lahti L-39 có hỏa lực mạnh hơn. Một số khẩu Boys vẫn được trang bị cho lực lượng duyên phòng Phần Lan.[1]

Đầu Thế chiến thứ hai, súng khá hữu dụng trước thiết giáp của Đức, Ý, Liên Xô tại các mặt trận Pháp, Bắc Phi và Phần Lan. Tuy nhiên, tốc độ phát triển của thiết giáp tại Châu Âu quá nhanh làm tác dụng chống tăng của súng nhanh chóng lỗi thời.

Phiên bản Mk.I nòng ngắn trang bị cho lính dù Anh tại Tunisia năm 1942 hoàn toàn vô hiệu trước xe tăng đối phương, vì rút ngắn nòng làm sơ tốc đầu đạn giảm, dẫn đến giảm khả năng xuyên.[2] Ở châu Âu, súng sớm bị thay thế bằng súng phóng lựu chống tăng PIAT vào năm 1943. PIAT xuất hiện lần đầu tiên trong Chiến dịch đổ bộ lên quần đảo Sicilia của Quân Đồng Minh.

Súng cũng được sử dụng để bắn đối phương trong lô cốt qua lỗ châu mai, tiêu diệt các ổ súng máy, phương tiện không bọc thép và bọc thép hạng nhẹ. Nhưng chức năng này cũng bị súng máy hạng nặng M2HB 12,7mm thay thế[3] khi vũ khí này được viện trợ cho Anh. Khả năng xuyên của các loại đạn xuyên 12,7x99mm BMG cũng tương đương với 13,9x99mmB của súng Boys. M2HB mạnh hơn Boys vì súng có tốc độ bắn cao hơn nhiều, có tính uy hiếp cao hơn đối với nhóm phương tiện không bọc thép và bọc thép hạng nhẹ khi sử dụng các loại đạn xuyên cháy và xuyên cháy vạch đường. Ngoài ra M2HB còn được sử dụng cả cho chức năng phòng không.[4]

Anh viện trợ cho Liên Xô loại súng này vào năm 1942, nhưng hỏa lực của súng yếu hơn nhiều so với PTRS-41 và PTRD-41 lúc đó đang được chế tạo và trang bị cho Hồng quân Liên Xô. Do đó nó không bao giờ được Liên Xô mang ra sử dụng.[1]

Tuy nhiên tại mặt trận Thái Bình Dương, súng Boys vẫn tiếp tục được sử dụng để chống lại thiết giáp hạng nhẹ của Nhật tại Mã Lai do các lực lượng Anh và Khối thịnh vượng chung thiếu vũ khí chống tăng hiệu quả như Bazooka hay Panzerschreck. Boys và FIAT vẫn tiếp tục được Khối thịnh vượng chung sử dụng trong Chiến tranh Triều Tiên sau này.

Súng cũng được gắn lên xe xích Universal Carrier và Xe tiêu chuẩn 4x2 làm vũ khí chính.